Pada kelinci terdapat dua bentuk koksidiosis yaitu bentuk hati disebabkan oleh Eimeria stidae dan bentuk usus disebabkan oleh E. magna, E. media, E. irresidua atau E. perforans. Eimeria spp lain jarang ditemukan di usus kelinci (HAGEN, 1976; SMITH dan MANGKOEWIDJOJO, 1988; ISKANDAR, 2001).
Hewan yang sudah sembuh dari penyakit ini sering menjadi karier. Berbagai bentuk koksidiosis tersebut tidak selalu menimbulkan gejala mencret. Penyakit bisa tanpa memperlihatkan gejala, atau kematian dapat terjadi hanya sesudah beberapa hari setelah infestasi. Kelinci muda lebih sering terjadi terkena oleh koksidiosis bentuk hati dengan gejala-gejala berupa mencret, nafsu makan hilang, dan bulu kasar. Kelinci tidak tumbuh normal, badan kurus dan tidak tampak sehat. Pada bentuk usus, gejala biasanya tumbuh lambat, nafsu makan hilang dan perut kelihatan buncit.
Diagnosis dapat dibuat dengan identifikasi ookista pada pemeriksaan tinja atau dengan pemeriksaan histopatologi usus dan hati. Pada pemeriksaan pascamati. Lesi koksidiosis disebabkan oleh E. stiedae menunjukkan bintik-bintik putih atau kista di hati.
Pada kasus akut, lesi ini mempunyai tepi jelas tetapi kemudian lesi akan bergabung satu sama lain pada kasus kronis. Pada pemeriksaan histopatologik bintik-bintik tersebut tampak hiperplasia saluran empedu dan banyak ditemukan ookista. Lesi pada bentuk usus bervariasi, kasus akut jarang memperlihatkan lesi, sedang kasus kronis tampak usus menebal dan pucat.
Koksidiosis dapat dikendalikan dengan pengelolaan koloni hewan yang baik dan mengobati kelinci dengan 0,05% Sulfakuinoksalin dalam air minum selama 30 hari. Bisa juga Amprolium 30–250 mg/kg pakan. Nitrofurason dapat dipakai dengan dosis 0,5–2,0 g/kg berat badan untuk pengobatan, atau 0,5–1,0 g/kg untuk pencegahan koksidiosis usus (HARKNESS dan WAGNER, 1983).
Eimeria sp ini tidak dapat menginfeksi manusia. Penyakit ini dapat dikacaukan dengan Enteritis, Diare, Bloat atau Kembung perut (Timpani).