Kelinci memiliki sistem pencernaan yang amat rumit, dan mereka tidak dapat mencerna semua makanan dengan cara yang sama baiknya. Sebagai contoh, mereka dapat mencerna fruktosa (zat gula pada buah-buahan) dengan sangat baik, namun kemampuan untuk mencerna gula jenis lain sangat rendah. Karenanya permen dan kue-kue manis dapat membuat kelinci menjadi sangat sakit. Hal ini disebabkan karena gula dan zat-zat makanan yang tidak dapat dicerna oleh usus halus kelinci akan menumpuk di cecum, dan memancing bertambahnya bakteri produsen racun yang menyebabkan banyak penyakit pada kelinci. 40% persen proses pencernaan terjadi di usus besar.
Sistem pencernaan pada kelinci :
1. Rongga mulut,
2. esophagus (kerongkongan).
3. Lambung
4. usus halus.
5. Usus besar
6. Caecum
Kelinci makan dan mengunyah makanannya sekitar 300 kali dan “memutar’ makanannya ke kedua sisi rongga mulut, dan makanan turun ke esophagus (kerongkongan). Makanan masuk ke lambung, tetapi reaksi sebenarnya bukan disana. Lambung menyimpan makanan dan isinya disterilisasi dan dipindahkan ke usus halus.Di usus halus, 90% protein, karbohidrat dan gula diserap dari makanan. Kemudian bahan-bahan berserat yang tidak dicerna bergerak dan diseleksi. Serat bergerak ke colon (usus besar) dan membentuk tinja yang keras. Sisa makanan yang siap untuk dicerna bergerak ke caecum yang lebih besar dari lambung.
Tinja keras yang melewati caecum digerakkan ke colon dalam gerakan memutar dan membentuk bola-bola bulat dan keras (lihat gambar di samping, sebelah kanan). Ada 2 kelenjar bau di kedua sisi di samping anus. Bau -bauan ini disimpan pada tinja keras saat tinja tersebut melewati anus.
Caecum adalah sebuah organ rumit yang mencerna kembali makanan. Caecum merupakan batas antara usus halus dan usus besar. Caecum berisi enzim-enzim dan bakteri pemecah makanan. Setiap 3-8 jam sehari caecum berkontraksi dan mendorong bahan-bahan tersebut kembali ke colon dimana bahan-bahan tsb dibungkus oleh sejenis lendir, kemudian keluar melewati anus (bentuknya seperti setangkai buah anggur berwarna coklat, tapi ukurannya jauh lebih kecil).